मुगलकालीन इतिहास, भव्य महलों और बुलंद दरवाजे के साए में छिपा एक ऐसा स्थान भी है, जो सीकरी की प्राचीन सभ्यता की दुर्लभ धरोहरों को अपने सीने में संजोए हुए है। यह है फतेहपुर सीकरी का पुरातत्व संग्रहालय। यहां हुए पुरातात्विक उत्खनन (खुदाई) से निकलीं दुर्लभ वस्तुएं न केवल पर्यटकों के लिए आकर्षण का केंद्र हैं, बल्कि इतिहास के जिज्ञासुओं और रिसर्च स्कॉलर्स के लिए ज्ञान का अनमोल भंडार भी हैं।